非淋菌性尿道炎的潜伏期为1～3周，起病缓慢，症状较轻，典型的临床症状是尿道刺痒伴有轻重不一的尿急、尿痛与排尿困难，在早晨首次掩水前，可于尿道外口处流出少量粘液性分泌物。

在男性，衣原体首先感染前尿道，然后向后尿道蔓延，最后可感染全部尿道，甚至累及输精管和副睾。

在女性，子宫颈也是主要的感染部位，临床表现为急性或慢性炎症，有糜烂、白带增多、排尿困难和尿频。