在诊断非淋菌性尿道炎时，常常需要与淋菌性尿道炎、前列腺炎鉴别。前者在淋病中已有论述。非淋菌性尿道炎的特点是症状较淋病为轻，潜伏期较淋病为长，分泌物较淋病为清稀。而慢性前列腺炎也常常伴有尿道的不适和尿道口出现分泌物，但慢性前列腺炎主要是会阴不适，排尿不畅，尿道口分泌物为前列腺液。