生殖器念珠菌病的病原体是念珠菌。念珠菌是单细胞真菌，广泛地分布于自然界。目前只发现81种念珠菌，但与医学有关的仅7种。其中致病性最强的是白色念珠菌。约人类90％的念珠菌感染都是由白色念珠菌引起的，其他可能会导致病的有热带念珠菌、假热带念珠菌、克桑念珠菌及类星形念珠菌。

　　念珠菌是一种双相性的革兰阳性真菌。在直接涂片中可以找到成群卵圆形的单壁细胞，大小为2um*6um，另外可以看到分隔的菌丝，细胞和菌丝有一定的排列关系。成堆的细胞常集中在菌丝的分隔处。有大量菌丝存在时说明它是处于致病状态。念珠菌是一种条件致病菌，它可以存在于正常人体的皮肤黏膜上，并不引起致病，当机体抵抗力减低或局部环境变得有利它生存时，念珠菌就会大量繁殖，引起病变。
  
　　念珠菌有两种生活形态，一为芽生孢子，一为菌丝体。前者与念珠菌的播散有关。也多见于无症状的病人。后者与引起组织病变关系密切。多见于有症状的病人。